SARS冠状病毒2 (SARS- cov -2)是2019冠状病毒病(COVID-19)的已知病因。这种“刺突”或S蛋白有助于病毒进入宿主细胞。

 

现在， 杏耀平台谈科技 ，来自韩国首尔国立大学、英国剑桥大学和美国利哈伊大学的一组研究人员合作，杏耀代理制作了第一个开放源代码的完整S蛋白的全原子模型。研究人员说，这是特别重要的，因为S蛋白在病毒进入细胞的过程中发挥核心作用，使其成为疫苗和抗病毒药物开发的主要目标。

 

细节可以在一篇刚刚发表在《物理化学杂志B》网上的论文中找到，“在病毒膜上开发一个完全糖基化的全长SARS-CoV-2刺突蛋白模型”。

 

这个视频演示了如何从他们的sars - cov - 2s蛋白模型中构建这个膜系统。模型构建程序是开放访问的，可以在CHARMM-GUI主页上点击COVID-19归档链接，或者点击标题中的归档链接，然后在左侧侧边栏找到COVID-19蛋白链接。

 

CHARMM-GUI (GUI =图形用户界面)是一个简单、精确和快速模拟复杂生物分子系统的程序。Im将其描述为一种“计算显微镜”，可以让科学家了解分子层面的相互作用，而这是其他任何方式都无法观察到的。更多关于CHARMM-GUI的信息可以在这个视频中找到。

 

“我们的模型是第一个完全糖基化的全长SARS-CoV-2 spike (S)蛋白模型，其他科学家也可以使用，”Im说。“我很幸运地与韩国首尔国立大学的Chaok Seok博士和英国剑桥大学的Tristan Croll博士合作。我们的团队花费了昼夜时间，非常仔细地从已知的低温电子显微镜结构部分构建了这些模型。建模非常具有挑战性，因为在很多地区，简单的建模无法提供高质量的模型。”

 

Im表示，科学家可以利用这些模型进行创新和新颖的模拟研究，以预防和治疗COVID-19。

 

用冷冻电镜(cryo-EM)测定S蛋白结构，杏耀注册RBD向上(PDB ID: 6VSB)， RBD向下(PDB ID: 6VXX)。但是，该模型有很多缺失的残基。所以，他们首先模拟了缺失的氨基酸残基，然后是其他缺失的区域。此外，他们模拟了所有附着在S蛋白上的潜在聚糖(或碳水化合物)。这些多糖会阻止抗体识别，这使得疫苗的研制变得困难。他们还建立了一个S蛋白的病毒膜系统，用于分子动力学模拟。