清光绪二十四年（1898年）七月（下指农历），已存在249年的广东巡抚正式撤销。经过几复几废，光绪三十一年（1905年）十一月，由两广总督兼管广东巡抚事。
最早提出要废除广东巡抚的，是时任广东巡抚的郭嵩焘。郭嵩焘的理由是：两广总督和广东巡抚同驻广州城，权力界限太混乱，影响办事效率。
全国共有四例总督与巡抚同驻一城，还有湖广总督与湖北巡抚同驻武昌（武汉）、闽浙总督与福州巡抚同驻福州，云贵总督与云南巡抚同驻昆明。
郭嵩焘认为督抚同驻一城，就如同两个县令共管一个县，岂有不乱之理？郭嵩焘上疏是在同治五年，也就是1866年，此时的他已当了四年的广东巡抚。
郭嵩焘为什么会要求撤销广东巡抚？因为他和时任两广总督的瑞麟严重不对付，龃龉不断。瑞麟对郭嵩焘颐气指使，学贯中西的郭嵩焘自然不服。朝廷让左宗棠查明实情后，对瑞麟和郭嵩焘臭骂一顿。郭嵩焘一怒之下，辞职回了长沙老家办学去了。但接替郭嵩焘任巡抚的蒋益澧又和总督瑞麟斗来斗去，弄得广州城乌烟瘴气。朝廷没办法，又把二人各打五十大板。
同城督抚斗气，这让朝廷更进一步认识到，督抚同城太麻烦。但是，当时朝廷刚平定太平天国，两广形势还太稳定，暂时不具备撤销广东巡抚的条件。
又过了24年，光绪十六年，1890年，外交家薛福成再上折请撤广东巡抚折。薛福成的理由和郭嵩焘差不多，认为同城不应该同时存在总督和巡抚。二人虽然互相监视，可保朝廷直接控制，但互相争老大，弊端太多。
由于广东巡抚在级别上要低于两广总督，所以郭嵩焘和薛福成都认为应该省巡抚而留总督。
有清一代，上述四个总督与同城的巡抚关系向来比较麻烦。同城督抚互相绊马腿的事多到数不过来，这确实成了朝廷重点考虑的大问题。
慈禧在变法后的1898年，下了懿旨，询问大臣：撤掉广东巡抚（同时还有湖北巡抚、云南巡抚），是否会对各省造成不利影响，你们赶紧商量。
礼亲王世铎等人则认为巡抚不可撤，说总督管军事，巡抚管民政，各不相干。互有矛盾完全是督抚两个人之间的问题，并非督抚同城所致。另外，粤、鄂、滇三省地形、人情复杂，总督管不过来，由巡抚管理比较合适。
慈禧采纳了世铎的意见，放弃了撤销三省巡抚的计划。
世铎为什么反对撤销三省巡抚？很简单，撤了这些人的官，他们怎么发财？反对变法的多是守旧派，他们自然不想丢掉铁饭碗。而慈禧是守旧派的总头子，当然要站在守旧派官僚一边。
光绪三十年，1904年，清廷已入膏肓，必须改变才有活路，慈禧也要做点表面文章。
慈禧同意了撤销云南巡抚和湖北巡抚，但广东巡抚暂时保留。何之？因为广东“盗贼”遍地，而两广总督岑春煊在广西有事回不来。所以，先留广东巡抚张人骏，暂代总督，在广东“剿匪”。
撤销广东巡抚，也有一层派系上的原因。三点：一、有时两广总督是淮军系，而广东巡抚则是湘军系，两派明争暗斗。二、有时两广总督是满臣，广东巡抚则是汉臣，双方又是台面上下一番乱斗。三、清末朝廷对地方上的控制力越来越弱，朝廷撤销几省巡抚，就是要试探自己的远程控制力还有多少。
一年后的六月，张人骏调到山西任巡抚，广东巡抚就空缺了下来。撤销广东巡抚本就是定好的事情，只不过当时有情况，暂时保留而已。张人骏离任广东巡抚，就没必要再任新巡抚了。但从岑春煊的态度看，他似乎不是特别赞成撤销巡抚。没有了巡抚，岑春煊就要军事（总督）、民政（巡抚）一肩挑了，连喘息的空都没有，太累了。
