与其他栽培作物一样，在现代番茄(Solanum lycopersicum变种)的驯化和育种过程中，一些存在于其南美祖先身上的潜在有用基因丢失了。
由于番茄作为一种作物的重要性，其基因组序列早在2012年就已完成并发表，后来又进行了补充和改进。现在，筑波大学的研究团队与丰田种子有限公司(TOKITA Seed Co. Ltd .)合作，已经为秘鲁的两种野生番茄祖先——西瓜茄(Solanum pimpinellifolium)和番茄茄(Solanum lycopersicum变种cerasiforme)——生产出了高质量的基因组序列。他们最近在《DNA研究》上发表了这项研究成果。
该团队使用了现代DNA测序技术，可以读取比以前可能的更长的序列，并结合先进的生物信息学工具来分析生成的数百gb数据，并确认数据的高质量。他们收集了许多序列片段，找出了与栽培番茄12条染色体上已知基因相匹配的序列，还发现了数千个现代番茄中未发现的新基因序列。许多新的DNA序列只存在于一个或另一个祖先物种中。
研究人员继续分析了这两种番茄祖先的转录组——这些基因的DNA被转录成RNA信息，为细胞制造蛋白质提供指令——检查了该植物的17个不同部分，以显示哪些基因是活跃的。通过与已知基因的比较，杏耀平台这些信息指向了新基因可能的功能，例如在果实发育、叶片抗病性、根耐盐性等方面。
通讯作者Tohru Ariizumi教授说:“这些番茄祖先的新基因组序列对于研究这一物种的进化以及驯化过程中基因的变化是很有价值的。”此外，野生近亲含有数千种在现代栽培番茄中未发现的基因。有了这些新信息，研究人员将能够找到新的有用的基因，这些基因可以被培育到西红柿上，也可能被培育到其他作物上。这将有助于植物育种家培育出更好的未来番茄品种，
杏耀平台的体会，这些品种具有更好的抗病能力、对气候变化的耐受性、更好的口感和更好的保质期等特点。”
